Joshua (Ramon Y. Tungka) adalah seorang siswa SMA yang pendiam dan sering dijahili dan disiksa dengan semi-kekerasan oleh teman-temannya di sekolah . Namun ia tidak didukung oleh siapapun, ia sempat dekat dengan seorang gadis bernama Cathy (Metha Yunatria) yang menjadi pacar salah satu orang yang menyiksanya, dan seorang gadis pendiam bernama Sabina (Sheila Marcia Joseph) yang bersimpati dengan keadaan Joshua, kedua gadis itu tidak sempat mengajak Joshua untuk menjadi orang yang lebih ceria dan bersemangat. Keadaan suram di sekolah tidak didukung oleh orangtua Joshua yang mendidiknya dengan cukup kasar, sang ayah selalu melontarkan kekerasan fisik sementara sang ibu bersikap acuh tak acuh dengan Joshua. Di sekolah, ibu kepala sekolah bernama Manda selalu berterimakasih dengan orangtua Jerry yang suka berkontribusi dalam sumbangan fasilitas sekolah. Sebenarnya itu hanyalah upaya agar nilai Jerry yang jelek nanti bisa dinaikkan. Manda menjadi profil guru yang lebih membela Jerry dalam setiap hal, termasuk saat kedua guru; Miranda sang guru BP dan Agni guru temannya melaporkan tindakan Jerry. Miranda selalu berupaya agar Joshua menceritakan siksaan yang ia alami agar bisa meringankan penderitaannya, tetapi Joshua memilih bungkam dan tidak memercayai siapapun. Tekanan yang terus menerus membuat Joshua membeli sepucuk pistol berikut dua buah peluru. Kemudian ia mencuri enam kertas panggilan murid milik Miranda, menulis nama orang-orang yang ia kehendaki, dan memanggil mereka. Sesampai enam anak itu di dalam, mereka disekap dan diancam dengan pistol oleh Joshua. Keinginan Joshua sebenarnya sederhana saja, yakni agar ia dipentingkan dan dihargai, namun dengan cara yang salah.

Semua anak segera dievakuasi oleh para polisi. Kapten Margono, ayah Sabina, menjadi pemimpin penyelesaian kasus ini. Guru-guru secara tidak langsung mulai memojokkan Manda sekolah yang telah menjadikan Joshua secara tidak langsung, tidak bisa dibela. Miranda dipanggil ke sekolah oleh Margono, Margono meminta Miranda sebagai orang terdekat Joshua agar bisa bernegoisasi dengan Joshua lewat pengeras suara diluar. Selagi itu, seluruh sekolah diamankan dengan helikopter dan sekelompok penembak. Mirandapun berkata kepada Joshua bahwa ia akan membawakan makanan untuk Joshua, negoisasi itu berhasil. Joshua masih tetap bertahan dengan pendiriannya. HT telah diberikan oleh Miranda, diselipkan di tas makanan.

Itikad yang dilakukan termasuk negoisasi tiada henti disaksikan oleh para pemirsa televisi yang menayangkan liputan ini secara langsung Joshua akhirnya melepaskan ketiga perempuan yang disandera, sementara ketiga lainnya yang pria (yang memang otak penyiksa Joshua) diseret dan disuruh untuk menyiksa satu sama lain dengan cara yang pernah mereka lakukan untuknya. Keadaan kembali sunyi. Para polisi rehat sejenak, celah itulah yang dicari Joshua untuk menyuruh semuanya naik ke atas gedung sekolah melewati plafon. Jerry digantung badannya di sisi gedung, disaksikan oleh semua orang. Kemudian Joshua ternyata menyiapkan satu peluru lagi untuk membunuh dirinya sendiri. Joshua bunuh diri, Sabina segera pergi ke plafon dan menangisi mayat Joshua.

 Film ini memenangi Piala Citra pada Festival Film Indonesia 2006 sebagai film terbaik, dan juga meraih gelar Sutradara Terbaik dan Penata Suara Terbaik (Badiel Revaldo). Hal ini mengakibatkan sejumlah pemenang Piala Citra melakukan protes keras dan mengembalikan piala yang telah dimenangi mereka. Salah satu alasan yang dikemukakan adalah mengenai masalah hak cipta musik yang digunakan dalam film ini. Pada 15 Juni 2007, Badan Pertimbangan Perfilman Nasional memutuskan untuk membatalkan kemenangan Ekskul dalam kategori Film Terbaik dan Sutradara Terbaik.